Het Schelde-estuarium vervult vanouds een cruciale rol in de betrekkingen tussen Nederland en Vlaanderen/België. Zo hebben beide landen belang bij een robuuste beveiliging tegen overstromen in het Scheldegebied dat reeds sedert de middeleeuwen geregeld ten prooi valt aan zware stormvloeden. De toegankelijkheid, niet alleen vanuit zee maar ook via de binnenvaart, van de grote Scheldehavens, Antwerpen, Gent, Terneuzen en Vlissingen, is essentieel voor de bloei van de landen en regio’s en is een zaak van grensoverschrijdend belang. Daarbij is het Schelde-estuarium één van de weinige nog resterende natuurlijke estuaria in Noordwest Europa. Ook landbouw, visserij en recreatie zijn niet te verwaarlozen functies in het Schelde-estuarium.

Vlaanderen en Nederland hebben dan ook groot belang bij een duurzaam en evenwichtig beleid dat gericht is op maximale veiligheid tegen overstromen, optimale toegankelijkheid van de Scheldehavens en een gezond en dynamisch estuarien ecosysteem. Samenwerking in de vorm van een gemeenschappelijk beleid en beheer is dan ook aangewezen. Deze samenwerking werd formeel vastgelegd in het verdrag van 21 december 2005 inzake de samenwerking op het gebied van beleid en beheer in het Schelde-estuarium. De Vlaams Nederlandse Scheldecommissie (VNSC) is het instrument voor het verwezenlijken van deze gemeenschappelijke doelstellingen.